主要从事真核生物全基因组水平的基因表达调控研究。针对转录起始、过程调控、转录终止这三个核心环节，系统创建了基于高通量测序方法的转录研究体系，特别是转录起始位点、反义转录体和多聚腺苷酸加尾的全基因组水平精确定位。在Nature Methods(一作), Nature Protocols(一作), Nature(共同作者), PNAS(共同作者, 三篇)等杂志发表多篇重要论文。申请13项中美专利，5项已获授权。